AMEDデータ利活用プラットフォーム利用者マニュアル
目次
1 共通内容
1.1 アクセスURL
本マニュアルは「AMEDデータ利活用プラットフォーム」の操作マニュアルとなります。「AMEDデータ利活用プラットフォーム」には下記URLよりアクセスしてください。
https://prod-www.cannds.amed.go.jp/web/login/init
https://prod-www.cannds.amed.go.jp/web/login/init
1.2 画面構成
各機能は以下の画面より構成されます。各画面の操作については、それぞれの項を参照してください。
1.3 セッションタイムアウト
ログイン後、1時間以上操作がない場合、セッション情報が破棄されます。
セッションタイムアウトとなった場合、再度ログインしなおす必要があります
セッションタイムアウトとなった場合、再度ログインしなおす必要があります
2 ログイン
2.1 ログイン
AMEDデータ利活用プラットフォームではログイン認証方法を2種類用意しています。
「学認（https://www.gakunin.jp/）」という認証基盤を利用し、利用者が所属する研究機関の認証の仕組みでログインする方法と、「SecurID」というAMEDデータ利活用プラットフォームが発行するログイン用IDを利用してログインする方法です。
アカウント作成時にどちらの認証方法を使用するか設定しますので、AMEDから指示された方法でログインを実施してください。
（利用者ごとに認証方法は固定となります。指示されていない方法でのログインは出来ません。）
なお「SecurID」を利用したログインでは初回のログインか否かで挙動が変わります。
■「学認」を用いたログイン手順
⇒2.2「学認」によるログイン を参照ください。
■「SecurID」を用いた初回のログイン手順
⇒2.3「SecurID」による初回ログイン を参照ください。
■「SecurID」を用いた2回目以降のログイン手順
⇒2.4「SecurID」によるログイン（2回目以降） を参照ください。
「学認（https://www.gakunin.jp/）」という認証基盤を利用し、利用者が所属する研究機関の認証の仕組みでログインする方法と、「SecurID」というAMEDデータ利活用プラットフォームが発行するログイン用IDを利用してログインする方法です。
アカウント作成時にどちらの認証方法を使用するか設定しますので、AMEDから指示された方法でログインを実施してください。
（利用者ごとに認証方法は固定となります。指示されていない方法でのログインは出来ません。）
なお「SecurID」を利用したログインでは初回のログインか否かで挙動が変わります。
■「学認」を用いたログイン手順
⇒2.2「学認」によるログイン を参照ください。
■「SecurID」を用いた初回のログイン手順
⇒2.3「SecurID」による初回ログイン を参照ください。
■「SecurID」を用いた2回目以降のログイン手順
⇒2.4「SecurID」によるログイン（2回目以降） を参照ください。
2.2 「学認」によるログイン
2.2.1 所属機関選択
利用者の所属する機関を選択します。
機関を選択すると、選択機関のログイン画面が表示されます。
機関を選択すると、選択機関のログイン画面が表示されます。
2.2.2 所属機関での認証
選択した機関のログイン画面でログイン認証を行います。
AMEDデータ利活用プラットフォーム側で二要素認証は不要と設定されている機関での認証の場合は、ここでの認証に成功した時点でログイン成功となりダッシュボード（TOP）画面を表示します。
それ以外の機関での認証の場合は、ここでの認証に成功するとメールアドレス入力画面、または、ワンタイムパスワード入力画面に遷移します。
（サンプルとしてOrthrosの認証画面を表示していますが、実際に表示される画面や入力項目は選択した機関ごとに異なります。）
AMEDデータ利活用プラットフォーム側で二要素認証は不要と設定されている機関での認証の場合は、ここでの認証に成功した時点でログイン成功となりダッシュボード（TOP）画面を表示します。
それ以外の機関での認証の場合は、ここでの認証に成功するとメールアドレス入力画面、または、ワンタイムパスワード入力画面に遷移します。
（サンプルとしてOrthrosの認証画面を表示していますが、実際に表示される画面や入力項目は選択した機関ごとに異なります。）
2.2.3 メールアドレス入力
AMEDデータ利活用プラットフォームに初めてログインする際、メールアドレス入力の画面が表示される場合があります。
所属機関の設定によっては表示されない場合があります。
この画面が表示された場合、利用申請時にAMEDデータ利活用プラットフォーム事務局へ提出したメールアドレスを入力してください。
この画面は、初回ログイン時のみ表示されます。２回目以降のログインでは表示されません。
メールアドレスを入力して送信ボタンを押下すると、ワンタイムパスワード入力画面へ遷移します。
所属機関の設定によっては表示されない場合があります。
この画面が表示された場合、利用申請時にAMEDデータ利活用プラットフォーム事務局へ提出したメールアドレスを入力してください。
この画面は、初回ログイン時のみ表示されます。２回目以降のログインでは表示されません。
メールアドレスを入力して送信ボタンを押下すると、ワンタイムパスワード入力画面へ遷移します。
2.2.4 ワンタイムパスワード入力
二要素認証が必要な機関での認証操作に成功すると、登録済みのメールアドレス宛にワンタイムパスワードが記載されたメールが届きます。
ワンタイムパスワードを入力して認証に成功した場合、ダッシュボード（TOP）画面を表示します。
ワンタイムパスワードを入力して認証に成功した場合、ダッシュボード（TOP）画面を表示します。
2.3 「SecurID」による初回ログイン
初回ログインでは暗証番号登録を行います。
ログインIDと共に、連絡された初期暗証番号を入力すると暗証番号登録画面に遷移するので、
自身の暗証番号を登録してください。※2回目以降のログインでは登録した暗証番号を入力頂きます。
各画面で認証に失敗した場合、「ログイン画面（ID入力）」に戻ります。
ログインIDと共に、連絡された初期暗証番号を入力すると暗証番号登録画面に遷移するので、
自身の暗証番号を登録してください。※2回目以降のログインでは登録した暗証番号を入力頂きます。
各画面で認証に失敗した場合、「ログイン画面（ID入力）」に戻ります。
2.3.1 初回ログイン（ID入力）
ログインIDを入力して「ログイン」ボタンを押下します。
認証に成功した場合、暗証番号入力画面が表示されます。
認証に成功した場合、暗証番号入力画面が表示されます。
2.3.2 初回ログイン（暗証番号入力）
ログインID入力後は初期暗証番号の認証を行います。
認証が成功すると新暗証番号登録画面が表示されます。
新暗証番号の登録完了後は、再度暗証番号の入力を行います。
※初期暗証番号ではなく登録した暗証番号を入力してください。
認証が成功すると、ワンタイムパスワード入力画面が表示されます。
認証が成功すると新暗証番号登録画面が表示されます。
新暗証番号の登録完了後は、再度暗証番号の入力を行います。
※初期暗証番号ではなく登録した暗証番号を入力してください。
認証が成功すると、ワンタイムパスワード入力画面が表示されます。
2.3.3 初回ログイン（新暗証番号登録）
登録する暗証番号を入力して「暗証番号を登録」ボタンを押下します。
登録に成功した場合、暗証番号入力画面が表示されます。
登録可能な暗証番号は以下になります。
・4～8桁の半角数字。
・直近３回使用していない暗証番号。
登録に成功した場合、暗証番号入力画面が表示されます。
登録可能な暗証番号は以下になります。
・4～8桁の半角数字。
・直近３回使用していない暗証番号。
2.3.4 初回ログイン（ワンタイムパスワード入力）
登録済みのメールアドレス宛にワンタイムパスワードが記載されたメールが届きます。
認証に成功した場合、ダッシュボード（TOP)画面を表示します。
※メールアドレスの変更をご希望の場合はシステム管理者にお問い合わせいただくようお願い致します。
認証に成功した場合、ダッシュボード（TOP)画面を表示します。
※メールアドレスの変更をご希望の場合はシステム管理者にお問い合わせいただくようお願い致します。
2.4 ログイン(2回目以降)
2回目以降のログインでは初回ログイン時に登録した暗証番号を入力頂きます。
システムに登録されたメールアドレス宛に都度送信されるワンタイムパスワードを用いて認証を行います。
※暗証番号を忘れた場合は暗証番号初期化を行いますのでシステム管理者にお問い合わせいただくようお願い致します。
システムに登録されたメールアドレス宛に都度送信されるワンタイムパスワードを用いて認証を行います。
※暗証番号を忘れた場合は暗証番号初期化を行いますのでシステム管理者にお問い合わせいただくようお願い致します。
2.4.1 ログイン（ID入力）
ログインIDを入力して「ログイン」ボタンを押下します。
認証に成功した場合、暗証番号入力画面が表示されます。
認証に成功した場合、暗証番号入力画面が表示されます。
2.4.2 ログイン（暗証番号入力）
初回ログインにて登録した暗証番号を入力して「暗証番号を送信」ボタンを押下します。
認証が成功するとワンタイムパスワード入力画面が表示されます。
認証が成功するとワンタイムパスワード入力画面が表示されます。
2.4.3 ログイン（ワンタイムパスワード入力）
システムに登録されたメールアドレス宛に都度送信されるワンタイムパスワードを用いて認証を行います。
ワンタイムパスワードを入力して「ワンタイムパスワードを送信」ボタンを押下します。
認証に成功した場合、ダッシュボード（TOP)画面を表示します。
ワンタイムパスワードを入力して「ワンタイムパスワードを送信」ボタンを押下します。
認証に成功した場合、ダッシュボード（TOP)画面を表示します。
3 共通機能
3.1 ヘッダ・メニュー
各画面には共通のヘッダーとメニューが表示されます。
3.1.1 ヘッダ
ヘッダーから以下の各操作を行うことが可能です。
・メニューバーの開閉。
・別タブでの「国立研究開発法人日本医療研究開発機構」のホームページを表示。
・別タブでの「AMEDデータ利活用プラットフォーム（CANNDs）」のホームページを表示。
・表示言語の日本語/英語の切替え
・ユーザ詳細画面への遷移ボタンの表示。
・ログアウトボタンの表示。
・メニューバーの開閉。
・別タブでの「国立研究開発法人日本医療研究開発機構」のホームページを表示。
・別タブでの「AMEDデータ利活用プラットフォーム（CANNDs）」のホームページを表示。
・表示言語の日本語/英語の切替え
・ユーザ詳細画面への遷移ボタンの表示。
・ログアウトボタンの表示。
3.1.2 日英切替
画面の表示言語は日本語と英語で切り替え可能です。
※切り替え対象はラベルなどの固定文言のみです。
日本語で登録されたデータは、表示言語を英語にしても日本語のまま表示されます。
※切り替え対象はラベルなどの固定文言のみです。
日本語で登録されたデータは、表示言語を英語にしても日本語のまま表示されます。
3.1.3 ログアウト
ログアウトボタンを押下するとログアウトとなります。作業終了後は必ずログアウトしてください。
3.1.4 メニュー
メニューから各画面に遷移できます。
各画面の詳細については、以下をご参照ください。
・4 ダッシュボード(TOP)
・5.2 メタデータ検索
・5.10 メタデータ集計
・5.11 データセット一覧
・6.2 検索条件の指定
・6.5 ダウンロード
・7 ノートブック
・8 データ管理
・9 インフォメーション
各画面の詳細については、以下をご参照ください。
・4 ダッシュボード(TOP)
・5.2 メタデータ検索
・5.10 メタデータ集計
・5.11 データセット一覧
・6.2 検索条件の指定
・6.5 ダウンロード
・7 ノートブック
・8 データ管理
・9 インフォメーション
3.2 パンくず
各画面の上部には、現在表示している画面を示すナビゲーション（パンくずリスト）が配置されています。
パンくずリストのリンクをクリックすることで、該当の画面へ遷移できます。
遷移先一覧
パンくずリストのリンクをクリックすることで、該当の画面へ遷移できます。
遷移先一覧
| 画面名 | リンク名 | 遷移先 |
|---|---|---|
| 各画面共通 | TOP | ダッシュボード(TOP) |
| メタデータ検索画面 | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| メタデータ検索結果画面 | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| メタデータ検索 | メタデータ検索 | |
| メタデータ詳細画面(各データ共通) | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| メタデータ検索 | メタデータ検索 | |
| メタデータ検索結果 | メタデータ検索結果 | |
| メタ情報（SAMPLE_REF登録のないAnalysis）画面 | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| メタデータ検索 | メタデータ検索 | |
| メタデータ集計画面（メニューから遷移） | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| メタデータ集計画面（メタデータ検索結果から遷移） | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| メタデータ検索 | メタデータ検索 | |
| メタデータ検索結果 | メタデータ検索結果 | |
| データセット一覧画面 | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| データセット詳細画面 | ゲノム等メタデータ | メニュー(ゲノム等メタデータ) |
| データセット一覧 | データセット一覧 | |
| 検索条件の指定画面 | バリアント・アレル頻度データ | メニュー(バリアント・アレル頻度データ) |
| バリアント一覧画面 | バリアント・アレル頻度データ | メニュー(バリアント・アレル頻度データ) |
| 検索条件の指定 | 検索条件の指定 | |
| バリアント詳細画面 | バリアント・アレル頻度データ | メニュー(バリアント・アレル頻度データ) |
| 検索条件の指定 | 検索条件の指定 | |
| バリアント一覧 | バリアント一覧 | |
| ダウンロード画面 | バリアント・アレル頻度データ | メニュー(バリアント・アレル頻度データ) |
3.3 ソート・ページャ
メタデータ検索結果一覧やデータセット一覧などの各種一覧には、ページ送り機能（ページャ）が備わっています。
また、課題別集計表やデータセット一覧などの表形式の一覧には、ソート機能も備わっています。
また、課題別集計表やデータセット一覧などの表形式の一覧には、ソート機能も備わっています。
3.4 ユーザ詳細
ヘッダー部の「ユーザ詳細」ボタンを押すと、ユーザ詳細画面に遷移します。
ユーザ詳細画面では、ログインユーザ自身の詳細情報の表示およびプロフィール画像のアップロードができます。
アップロードした画像ファイルはヘッダーに表示されます。
なお、アップロードできるファイルには以下の制限があります。
登録したプロフィール画像はヘッダ部に表示されます。
ユーザ詳細画面では、ログインユーザ自身の詳細情報の表示およびプロフィール画像のアップロードができます。
アップロードした画像ファイルはヘッダーに表示されます。
なお、アップロードできるファイルには以下の制限があります。
| 項目名 | 制限 |
|---|---|
| ファイルサイズ | 2MB以下 |
| ファイル拡張子 | 拡張子が「.jpeg」「.jpg」「.png」のいずれか |
| ファイルの縦サイズ | 560px |
| ファイルの横サイズ | 420px |
登録したプロフィール画像はヘッダ部に表示されます。
4 ダッシュボード(TOP)
ログイン後の初期表示時、またはメニューの「TOP」リンクから表示される画面になります。
①障害・メンテナンス情報表示エリア
⇒4.1 障害・メンテナンス情報 を参照ください。
②メニュー(ダッシュボード)表示エリア
⇒4.2 メニュー(ダッシュボード) を参照ください。
③メタデータサマリ表示エリア
⇒4.3 メタデータサマリ を参照ください。
①障害・メンテナンス情報表示エリア
⇒4.1 障害・メンテナンス情報 を参照ください。
②メニュー(ダッシュボード)表示エリア
⇒4.2 メニュー(ダッシュボード) を参照ください。
③メタデータサマリ表示エリア
⇒4.3 メタデータサマリ を参照ください。
4.1 障害・メンテナンス情報
障害・緊急停止・計画停止に関するお知らせを新着順に表示します。お知らせがない場合は表示されません。
4.2 メニュー(ダッシュボード)
「使う」ボタン押下により、各画面に遷移できます。
各画面については、以下を参照してください。
・5.1 メニュー(ゲノム等メタデータ)
・6.1 メニュー(バリアント・アレル頻度データ)
・7 ノートブック
・8 データ管理
・9 インフォメーション
ノートブックのユーザ用ストレージの容量がひっ迫している場合、データ管理のメニューに「ディスク容量がいっぱいです。」と表示されます。
ストレージの使用可能上限を超えてしまうとロックが掛かり、ファイルの保存、更新などの操作が出来なくなります。
早急に不要なファイルの削除を行ってください。
詳細な内容はデータ管理画面のマニュアルをご確認ください。
・8 データ管理
インフォメーションのメニューに「重要なお知らせがあります。」と表示されている場合、AMEDデータ利活用プラットフォーム（CANNDs）事務局より重要なお知らせがあります。
「使う」ボタンを押してインフォメーション画面に移動し、「重要なお知らせ」を確認してください。
各画面については、以下を参照してください。
・5.1 メニュー(ゲノム等メタデータ)
・6.1 メニュー(バリアント・アレル頻度データ)
・7 ノートブック
・8 データ管理
・9 インフォメーション
ノートブックのユーザ用ストレージの容量がひっ迫している場合、データ管理のメニューに「ディスク容量がいっぱいです。」と表示されます。
ストレージの使用可能上限を超えてしまうとロックが掛かり、ファイルの保存、更新などの操作が出来なくなります。
早急に不要なファイルの削除を行ってください。
詳細な内容はデータ管理画面のマニュアルをご確認ください。
・8 データ管理
インフォメーションのメニューに「重要なお知らせがあります。」と表示されている場合、AMEDデータ利活用プラットフォーム（CANNDs）事務局より重要なお知らせがあります。
「使う」ボタンを押してインフォメーション画面に移動し、「重要なお知らせ」を確認してください。
4.3 メタデータサマリ
メタデータの登録件数、「年齢階層」「疾患名」「居住地または出生地」「性別」の集計グラフを表示します。
グラフの要素をクリックすると、選択した要素を検索条件としてメタデータ検索を実施します。
グラフの要素をクリックすると、選択した要素を検索条件としてメタデータ検索を実施します。
5 ゲノム等メタデータ
5.1 メニュー(ゲノム等メタデータ)
5.2 メタデータ検索
検索条件の入力等で、メタデータを検索出来ます。
検索方法は以下の4パターンが存在します。
・検索キーワードの入力による検索。
・保存検索条件からの再検索。
・検索条件履歴からの再検索。
・Sampleと紐付かないAnalysisデータのみの表示。
データ提供機関
詳細条件展開時
検索方法は以下の4パターンが存在します。
・検索キーワードの入力による検索。
・保存検索条件からの再検索。
・検索条件履歴からの再検索。
・Sampleと紐付かないAnalysisデータのみの表示。
データ提供機関
詳細条件展開時
5.2.1 検索対象メタデータ
本システムで取り扱うメタデータはJGAデータモデルに従った下記5種類の項目となります。
| 項目名 | 概要 | 詳細 |
|---|---|---|
| Study | 研究に関する情報 | トップレベルのオブジェクトで研究内容・研究費・論文情報を含む データ提供開始後、研究概要を示すために一般公開される |
| Sample | 検体ごとの情報 | Sample ≒ 個人 表現型情報（gender、age etc）や匿名化されたdonor ID |
| Experiment | 実験解析に関する情報 | 実験手順、質問票、ライブラリー情報やシークエンサなど １つのSampleと複数のDataオブジェクトを連結 |
| Data | ゲノムデータに関する情報 | 個人に対応する（生）データファイル（fastq、bam、アレイデータ）を格納 |
| Analysis | データ解析に関する情報 | 複数のDataもしくはSampleを解析したデータを格納 例：変異データ（vcf）や表現型情報をまとめた表 |
5.2.2 キーワード検索（同義語）
上段のボックスに入力されたキーワードが検索対象項目のいずれかに該当するデータが抽出されます。
下段のボックスに入力されたキーワードが検索対象項目のいずれかに該当するデータは抽出対象から除外されます。
例：上段のボックスに”cancer”というキーワードを入力して検索した場合、例えばStudyの「title」「abstract」など検索対象となるいずれかの項目一つにでも“cancer”という記載があるデータが抽出されます。
下段のボックスに”cancer”というキーワードを入力して検索した場合、Studyの「title」「abstract」など検索対象となるいずれかの項目一つにでも“cancer”という記載があるデータは抽出されません。
※キーワード検索の検索対象項目は「10.1 キーワード検索の検索対象項目」を参照
「同義語を含めて検索」にチェックを入れた場合は入力キーワードの同義語も検索対象として抽出されます。
例："アルツハイマー病"というキーワードを入力すると、同義語として"アルツハイマー"、"アルツハイマー型認知症"と言うキーワードに該当するデータも抽出されます。
同義語を含めた検索を実施したくない場合は「同義語を含めて検索」のチェックを外して検索を行って下さい。
例："アルツハイマー病"というキーワードを入力し、「同義語を含めて検索」のチェックを外して検索を行うと
"アルツハイマー"、"アルツハイマー型認知症"に該当するデータは抽出せずに"アルツハイマー病"に該当するデータのみを抽出します。
下段のボックスに入力されたキーワードが検索対象項目のいずれかに該当するデータは抽出対象から除外されます。
例：上段のボックスに”cancer”というキーワードを入力して検索した場合、例えばStudyの「title」「abstract」など検索対象となるいずれかの項目一つにでも“cancer”という記載があるデータが抽出されます。
下段のボックスに”cancer”というキーワードを入力して検索した場合、Studyの「title」「abstract」など検索対象となるいずれかの項目一つにでも“cancer”という記載があるデータは抽出されません。
※キーワード検索の検索対象項目は「10.1 キーワード検索の検索対象項目」を参照
「同義語を含めて検索」にチェックを入れた場合は入力キーワードの同義語も検索対象として抽出されます。
例："アルツハイマー病"というキーワードを入力すると、同義語として"アルツハイマー"、"アルツハイマー型認知症"と言うキーワードに該当するデータも抽出されます。
同義語を含めた検索を実施したくない場合は「同義語を含めて検索」のチェックを外して検索を行って下さい。
例："アルツハイマー病"というキーワードを入力し、「同義語を含めて検索」のチェックを外して検索を行うと
"アルツハイマー"、"アルツハイマー型認知症"に該当するデータは抽出せずに"アルツハイマー病"に該当するデータのみを抽出します。
5.2.3 検索サジェスト
「キーワード」欄に入力されたキーワードに部分一致した疾患名の一覧がサジェストとして表示されます。
5.2.4 件数確認
「件数確認」ボタンを押下すると、入力した検索条件に該当するメタデータの件数が確認できます。
5.2.5 保存検索条件検索
保存した検索条件を用いて検索できます。
「検索件数」は保存当時の件数となるため、検索実行後にメタデータの追加・削除が行われていた場合、
現在の件数と乖離している可能性があります。
「検索条件出力」ボタン押下によりJSON形式のファイルとしてダウンロードできます。
「削除」ボタン押下により保存されている検索条件を削除します。
※検索条件の保存については「5.3.1 検索条件保存」を参照
「検索件数」は保存当時の件数となるため、検索実行後にメタデータの追加・削除が行われていた場合、
現在の件数と乖離している可能性があります。
「検索条件出力」ボタン押下によりJSON形式のファイルとしてダウンロードできます。
「削除」ボタン押下により保存されている検索条件を削除します。
※検索条件の保存については「5.3.1 検索条件保存」を参照
5.2.6 検索条件履歴検索
過去に入力した検索条件(直近5件分)の内容から検索が可能です。
「検索件数」は検索実行当時の件数となるため、検索実行後にメタデータの追加・削除が行われていた場合、
現在の件数と乖離している可能性があります。
「検索件数」は検索実行当時の件数となるため、検索実行後にメタデータの追加・削除が行われていた場合、
現在の件数と乖離している可能性があります。
5.2.7 Sampleと紐付かないAnalysisデータの検索
Analysisデータ内に「SAMPLE_REF」の記載が無いデータを一覧で表示します。
5.3 メタデータ検索結果
メタデータ検索画面で抽出されたデータに紐づくSampleの一覧が表示されます。
例：”cancer”というキーワードで検索した場合、Studyの「title」「abstract」などいずれかの項目に記載されていれば該当のデータのSampleが表示されます。
例：”cancer”というキーワードで検索した場合、Studyの「title」「abstract」などいずれかの項目に記載されていれば該当のデータのSampleが表示されます。
5.3.1 検索条件保存
利用頻度が高いなど繰り返し使用したい検索条件は「この検索条件を保存」ボタンを押下する事で最大10件まで保存可能です。
保存結果はメタデータ検索画面に表示され、同じ検索条件で検索できます。
保存結果はメタデータ検索画面に表示され、同じ検索条件で検索できます。
5.3.2 課題別・疾患別に集計する
5.3.3 同義語展開
5.2.2 キーワード検索（同義語）にて「同義語を含んで検索」をチェックしてキーワード検索を行った場合、同義語が確認できます。
また、任意の同義語を選択して再検索することが可能です。
例："アルツハイマー病"というキーワードを入力すると、同義語として"アルツハイマー"、"アルツハイマー型認知症"と言うキーワードが使用されます。"アルツハイマー型認知症"は抽出対象外にしたい場合は、"アルツハイマー型認知症"のチェックを外して再検索を行う事で"アルツハイマー病"、"アルツハイマー"に該当するデータのみが抽出されます。
以下が表示を展開した状態です。
また、任意の同義語を選択して再検索することが可能です。
例："アルツハイマー病"というキーワードを入力すると、同義語として"アルツハイマー"、"アルツハイマー型認知症"と言うキーワードが使用されます。"アルツハイマー型認知症"は抽出対象外にしたい場合は、"アルツハイマー型認知症"のチェックを外して再検索を行う事で"アルツハイマー病"、"アルツハイマー"に該当するデータのみが抽出されます。
以下が表示を展開した状態です。
5.3.4 グラフ表示
検索結果を集計したグラフを表示します。
グラフ要素押下により絞り込み検索が可能です。
検索条件について押下したグラフと同じ項目の条件が設定されている場合、条件が上書きされます。
（チェックボックス項目の場合、押下した条件以外は未チェックとして検索を行います。
例: RegionグラフのKantoを押下した場合、検索条件のRegion項目についてKantoのみをチェックして、Kanto以外のチェックを外した状態で検索が行われます）
「初期検索結果の再表示」リンクを押下すると、絞り込み検索前の初期状態を再表示します。
グラフ要素押下により絞り込み検索が可能です。
検索条件について押下したグラフと同じ項目の条件が設定されている場合、条件が上書きされます。
（チェックボックス項目の場合、押下した条件以外は未チェックとして検索を行います。
例: RegionグラフのKantoを押下した場合、検索条件のRegion項目についてKantoのみをチェックして、Kanto以外のチェックを外した状態で検索が行われます）
「初期検索結果の再表示」リンクを押下すると、絞り込み検索前の初期状態を再表示します。
5.4 メタデータ詳細表示―SAMPLE
メタデータ検索結果画面で選択したデータに紐づくSampleのデータが表示されます。
※Sampleとは研究で利用された匿名化した検体の情報を持つデータの総称を意味します。
※Sampleとは研究で利用された匿名化した検体の情報を持つデータの総称を意味します。
5.5 メタデータ詳細表示―EXPERIMENT
メタデータ検索結果画面で選択したデータに紐づくExperimentのデータが表示されます。
※Experimentとは研究においての実験手順、質問票、ライブラリー情報やシークエンサなどの実験情報を持つデータの総称を意味します。
※Experimentとは研究においての実験手順、質問票、ライブラリー情報やシークエンサなどの実験情報を持つデータの総称を意味します。
5.6 メタデータ詳細表示―STUDY
メタデータ検索結果画面で選択したデータに紐づくStudyのデータが表示されます。
※Studyとは研究内容・研究費・論文情報を含む研究情報を持つデータの総称を意味します。
※Studyとは研究内容・研究費・論文情報を含む研究情報を持つデータの総称を意味します。
5.7 メタデータ詳細表示―DATA
メタデータ検索結果画面で選択したデータに紐づくStudyのデータが表示されます。
※Dataとは1つの実験情報(Experiment)においての実験結果の生データの情報を持つデータの総称を意味します。
※Dataとは1つの実験情報(Experiment)においての実験結果の生データの情報を持つデータの総称を意味します。
5.8 メタデータ詳細表示―ANALYSIS
メタデータ検索結果画面で選択したデータに紐づくStudyのデータが表示されます。
※Analysisとは実験結果の解析、サンプル情報の解析などの解析結果情報を持つデータの総称を意味します。
※Analysisとは実験結果の解析、サンプル情報の解析などの解析結果情報を持つデータの総称を意味します。
5.9 メタデータ詳細表示―ANALYSIS(紐付き無し)
Sampleと紐付かないAnalysisデータを一覧で確認できます。この画面にはメタデータ検索画面の「Sampleと紐付かない（SAMPLE_REF登録のない）Analysisデータはこちら」リンクから遷移します。
5.10 メタデータ集計
メタデータの登録件数、「年齢階層」「疾患名」「居住地または出生地」「性別」の集計グラフ、メタデータの課題別、疾患名別の集計表を表示します。
グラフの要素、集計表のリンクをクリックすると、選択した要素を検索条件としてメタデータ検索を実施します。
疾患別集計表
課題の詳細情報
グラフの要素、集計表のリンクをクリックすると、選択した要素を検索条件としてメタデータ検索を実施します。
疾患別集計表
課題の詳細情報
5.11 データセット一覧
本システムに登録されている研究課題（データセット）の一覧が表示されます。
5.12 データセット詳細
データセット一覧画面で選択した研究課題（データセット）の詳細が表示されます。
6 バリアント・アレル頻度データ
6.1 メニュー(バリアント・アレル頻度データ)
6.2 検索条件の指定
バリアント・アレル頻度データはデータ量が非常に多いため、バリアント一覧に遷移する前に条件を指定してデータの範囲を絞り込む必要があります。
この画面では、バリアント・アレル頻度データを絞り込むための条件を指定します。
条件指定後、「現在のタブで検索を実行する」、「新規タブで検索を実行する」のどちらかを押下するとバリアント一覧画面が表示されます。
Geneは3文字以上入力するとサジェストが表示されます。
ドロップダウンリストは複数選択する事ができます。
各項目毎の検索条件はAND条件で検索されますが、複数選択したドロップダウンリストの値同士はOR条件で検索されます。
この画面では、バリアント・アレル頻度データを絞り込むための条件を指定します。
条件指定後、「現在のタブで検索を実行する」、「新規タブで検索を実行する」のどちらかを押下するとバリアント一覧画面が表示されます。
Geneは3文字以上入力するとサジェストが表示されます。
ドロップダウンリストは複数選択する事ができます。
各項目毎の検索条件はAND条件で検索されますが、複数選択したドロップダウンリストの値同士はOR条件で検索されます。
6.3 バリアント一覧
検索条件の指定画面で設定した条件のバリアント一覧が表示されます。
Alt allele frequencyには各データ提供機関ごとのアレル頻度が表示されますが、バリアントが存在しない場合は「N/A」が表示されます。
バリアントが存在するが、サンプル数が少なく頻度情報として扱う最小人数に達していない場合、Alt allele frequencyには「N/A(※)」が表示されます。
Alt allele frequencyには各データ提供機関ごとのアレル頻度が表示されますが、バリアントが存在しない場合は「N/A」が表示されます。
バリアントが存在するが、サンプル数が少なく頻度情報として扱う最小人数に達していない場合、Alt allele frequencyには「N/A(※)」が表示されます。
6.3.1 バリアントフィルタ
バリアント一覧画面では、フィルタによる絞り込みとソートを行う事ができます。
フィルタは複数指定する事ができ、複数指定したフィルタはAND条件で絞り込まれます。
フィルタにはキーワード指定、ドロップダウンリストからの選択、数式により絞り込みの3種類があります。
キーワード指定の場合、キーワード欄に値を入力してENTERキーを押下するか、フィルタリングアイコンを押下する事で絞り込みが行われます。
キーワード指定の項目のうち、Geneは3文字以上入力するとサジェストが表示されます。
ドロップダウンリストは複数選択する事ができます。
選択後はフィルタリングアイコンを押下すると絞り込みが行われます。
各項目毎の検索条件はAND条件で絞り込まれますが、複数選択したドロップダウンリストの値同士はOR条件で絞り込みを行います。
数式による絞り込みの場合、数学記号をドロップダウンリストから選択し、キーワード欄に数値を入力します。
キーワード欄でENTERキー押下、またはフィルタリングアイコン押下で絞り込みを行い、「選択した数学記号」+「入力した数値」の数式が成立するバリアントに絞り込みます。
例えば、数学記号に「≧」、キーワード欄に「0.0001」を指定した場合、数式は「≧0.0001」となり、アレル頻度が 0.0001 以上のバリアントが絞り込まれます。
デフォルトではRegionの昇順でソートされており、フィルタ項目のヘッダーをクリックすると、その項目で昇順ソートする事ができます。
昇順ソートされている項目をもう一度クリックすると降順でソートされ、もう一度クリックすると昇順ソートに戻ります。
フィルタは複数指定する事ができ、複数指定したフィルタはAND条件で絞り込まれます。
フィルタにはキーワード指定、ドロップダウンリストからの選択、数式により絞り込みの3種類があります。
キーワード指定の場合、キーワード欄に値を入力してENTERキーを押下するか、フィルタリングアイコンを押下する事で絞り込みが行われます。
キーワード指定の項目のうち、Geneは3文字以上入力するとサジェストが表示されます。
ドロップダウンリストは複数選択する事ができます。
選択後はフィルタリングアイコンを押下すると絞り込みが行われます。
各項目毎の検索条件はAND条件で絞り込まれますが、複数選択したドロップダウンリストの値同士はOR条件で絞り込みを行います。
数式による絞り込みの場合、数学記号をドロップダウンリストから選択し、キーワード欄に数値を入力します。
キーワード欄でENTERキー押下、またはフィルタリングアイコン押下で絞り込みを行い、「選択した数学記号」+「入力した数値」の数式が成立するバリアントに絞り込みます。
例えば、数学記号に「≧」、キーワード欄に「0.0001」を指定した場合、数式は「≧0.0001」となり、アレル頻度が 0.0001 以上のバリアントが絞り込まれます。
デフォルトではRegionの昇順でソートされており、フィルタ項目のヘッダーをクリックすると、その項目で昇順ソートする事ができます。
昇順ソートされている項目をもう一度クリックすると降順でソートされ、もう一度クリックすると昇順ソートに戻ります。
6.4 バリアント詳細
バリアント一覧画面で選択したバリアントの詳細が表示されます。
プリセットデータでは、年齢階層毎、性別毎、居住地または出生地毎、疾患名毎の層別アレル頻度を提供しています（ただし、サンプル数が100未満のアレル頻度は提供していません）。
画面最下部のFrequencyに表示される「Disease」「Gender」「Age」「Region」「Genetic Ancestry Group」の各ボタンを押下すると、Overall以外のSubsetの表示/非表示の切り替えが行えます。
「Disease」表示中については疾患名の部分一致によるフィルタリングが行えます。
プリセットデータでは、年齢階層毎、性別毎、居住地または出生地毎、疾患名毎の層別アレル頻度を提供しています（ただし、サンプル数が100未満のアレル頻度は提供していません）。
画面最下部のFrequencyに表示される「Disease」「Gender」「Age」「Region」「Genetic Ancestry Group」の各ボタンを押下すると、Overall以外のSubsetの表示/非表示の切り替えが行えます。
「Disease」表示中については疾患名の部分一致によるフィルタリングが行えます。
6.5 ダウンロード
バリアント一覧画面に表示しているSites-Only VCFの一部のファイルをダウンロードできます。
ダウンロードするには利用規約への同意が必要です。
「連携基盤における利用規約」のリンクを押下し、内容を確認してください。
内容に同意する場合は「利用規約の内容を理解しました。」にチェックを入れてください。
チェックを入れるとダウンロードできるようになります。
ダウンロードするには利用規約への同意が必要です。
「連携基盤における利用規約」のリンクを押下し、内容を確認してください。
内容に同意する場合は「利用規約の内容を理解しました。」にチェックを入れてください。
チェックを入れるとダウンロードできるようになります。
7 ノートブック
メニューのノートブックを押下すると、JupyterLabがwebブラウザの別タブにて開きます。
本画面上でPythonやRを含む、簡単なデータ処理や解析を実行できます。
JupyterLabは以下の設定で起動されます。
起動からこの時間が経過すると処理途中でもJupyterLabが自動で停止します。
停止した場合はメニューのノートブックから再度JupyterLabを起動してください。
保存したファイルはデータ管理からダウンロードできます。
本画面上でPythonやRを含む、簡単なデータ処理や解析を実行できます。
JupyterLabは以下の設定で起動されます。
| 設定内容 | |
|---|---|
| CPU | 4vCPU |
| メモリ | 28GiB |
| 自動停止時間 | 300 分 |
停止した場合はメニューのノートブックから再度JupyterLabを起動してください。
保存したファイルはデータ管理からダウンロードできます。
7.1 Notebook利用時の注意点
ノートブックには以下の制約があります。
| 項目 | 制限 |
|---|---|
| ファイルサイズ | /shareを除いた領域には、以下の制約があります ・合計サイズに上限があります ・上限および現在の使用状況は、データ管理に「ユーザファイル一覧(現在の使用量/上限)」として表示されています ・上限を超過すると、ノートブックの利用がロックされます ・ロック中は、ファイル操作やダウンロードが出来なくなります ・上限超過前に警告メールがユーザに送信され、超過後にはロック通知メールが送信されます ・ロック解除の方法については、お問い合わせください |
| ディレクトリ名 / ファイル名 | 以下の文字のみ利用可能です 半角英数字 ・数字：0-9 ・英字（小文字・大文字）：a-z、A-Z 記号 ・感嘆符：! ・ハイフン：- ・下線（アンダースコア）：_ ・ピリオド（.）※ファイル名の先頭には使用できません ・アットマーク：@ ・等号：= ・カンマ：, ・キャレット（^） ・シャープ記号（#） ・丸かっこ：() ・中括弧：{} ・角括弧：[] 全角文字 ・ひらがな ・カタカナ ・漢字 |
8 データ管理
ノートブックで作成したファイルの一覧が表示されます。
表示されたファイルは、ダウンロードまたは削除が可能です。
ファイル名がドット（.）で始まる隠し属性ファイルは、通常は非表示になっています。 「隠し属性ファイルを表示する」のチェックをオンにすると、これら隠し属性ファイルが一覧に表示されます。
格納されているファイルサイズの合計が警告サイズを超過した場合、警告が表示され、
「【CANNDs】ストレージ使用量が上限に近づいています」の件名でメール通知が届きます。
不要なファイルの削除を実施してください。
格納されているファイルサイズの合計が上限サイズを超過した場合、警告が表示され、
「【CANNDs】10GBの上限を超過したため、ストレージがロックされました【制限通知】」
の件名でメール通知が届きます。
アカウントのストレージ機能が一時的にロックされてしまっている為、ファイル操作、ノートブックの起動が制限されます。
問い合わせ先にご連絡いただき、ロックの解除を行ってください。
表示されたファイルは、ダウンロードまたは削除が可能です。
ファイル名がドット（.）で始まる隠し属性ファイルは、通常は非表示になっています。 「隠し属性ファイルを表示する」のチェックをオンにすると、これら隠し属性ファイルが一覧に表示されます。
格納されているファイルサイズの合計が警告サイズを超過した場合、警告が表示され、
「【CANNDs】ストレージ使用量が上限に近づいています」の件名でメール通知が届きます。
不要なファイルの削除を実施してください。
格納されているファイルサイズの合計が上限サイズを超過した場合、警告が表示され、
「【CANNDs】10GBの上限を超過したため、ストレージがロックされました【制限通知】」
の件名でメール通知が届きます。
アカウントのストレージ機能が一時的にロックされてしまっている為、ファイル操作、ノートブックの起動が制限されます。
問い合わせ先にご連絡いただき、ロックの解除を行ってください。
9 インフォメーション
重要なお知らせ、ニュース、利用者マニュアル、お問い合わせ情報を確認できます。
10 補足
10.1 キーワード検索の検索対象項目
メタデータ検索画面でのキーワード検索において、検索の対象となる項目を以下にまとめます。
| 分類 | 項目 |
|---|---|
| Study | Title |
| Abstract | |
| Attributes/Value | |
| Grants/Title | |
| Grants/Agency | |
| Grants/Abbr | |
| Publications/Reference | |
| Study Type/Study Type | |
| Experiment | Title |
| Design Description | |
| Sample | Title |
| Sample Group Type | |
| Description | |
| Disease Name | |
| icd_code | |
| Attributes/Value | |
| Analysis | Title |
| Description | |
| Attributes/Value |
11 FAQ
| No | 質問 | 回答 |
|---|---|---|
| 1 | 暗証番号を忘れた場合は？ | 暗証番号を初期化して、再度ご登録頂きます。 暗証番号の初期化をシステム管理者にご依頼ください。 |
| 2 | ワンタイムパスワード送信先のメールアドレスを変更したい場合は？ | ユーザ情報変更を行いますので、メールアドレス変更をシステム管理にご依頼ください。 |
| 3 | メタデータ検索画面に古い検索条件履歴が表示されない場合は？ | 検索条件履歴に表示されるのは直近5件分の履歴となります。それより古い履歴は表示されませんので、再度検索条件を入力し直して検索を実行ください。 |